Über alle sechs Standorte Aschaffenburg, Bamberg, Nürnberg, Roth, Regensburg und Passau konnte die bayernhafen Gruppe 2012 ihren Güterumschlag bei Schiff, Bahn und Lkw nahezu auf Vorjahresniveau halten: Nach 29,8 Mio. t 2011 waren es 2012 rund 29,6 Mio. t, ein Rückgang von 0,8%. Der Schiffsgüterumschlag stieg um 4,2 % auf 3,674 Mio. t. Per Bahn waren es 6,7 Mio. t (Vorjahr 7,1 Mio.), ein Rückgang von 5 %.
Das Wachstum im Containerumschlag setzt sich fort: So schlug der Intermodalbereich 2012 insgesamt 421.214 TEU (Standardeinheiten) um, das sind 2,3% mehr als 2011. Ein Erfolg war die Rollende Landstraße über den Brenner: Nach dem Aus durch den bisherigen österreichischen Betreiber gelang es bayernhafen im Dezember 2012, in einer deutsch-italienischen Kooperation die Zukunft der RoLa zu sichern.